年终奖分两次发放需要合并一起计算缴纳个人所得税的。先用年终奖除以12得到的商数，确定税率，速算扣除数；然后用全年一次性奖金*适用税率-速算扣除数 计算个人所得税；如果当月工资低于5000，需要用年终奖减去与5000的差额，然后按上述方法计算的。