土地增值税以纳税人转让房地产取得的收入，减去法定扣除项目金额后的增值额作为计税金额，二手商铺的土地增值税也是如此，如果能提供购房证明额发票的，按上述方式计税，对既不能提供购房发票证明，又不能提供房屋及建筑物价格评估报告的，税务机关可采取核定征收办法，按转让二手房交易价格全额的5%征收率计征土地增值税。